巴音郭楞蒙古自治州人民检察院政法专项编制71名。其中，院领导职数7名（含政治部主任），检察委员会专职委员3名；内设机构领导职数36名。机关工勤编制6名。
巴音郭楞蒙古自治州人民检察院设立第一派驻检察室、第二派驻检察室、第三派驻检察室，负责新疆巴音郭楞监狱、新疆库尔勒监狱、巴州中心看守所派驻检察工作。各核定领导职数1名。